冷热冲击试验箱两箱式和三箱式的区别如下：

结构不同：两箱冷热冲击试验箱分为高低温箱和试样箱两部分分开，可以同时进行低温试验、高温试验和冷热冲击试验。由于高低温箱与试样箱分离，所以该试验箱的稳定性和可靠性相对较高，操作也更为方便。三箱冷热冲击试验箱则是将高温箱、低温箱和试样箱三部分分别设计在不同的箱体内。该试验箱操作性能稳定，以及温度控制方法更为先进，常常被用于高水平的电子产品和材料的冷热冲击性能的测试中。

温度变化不同：两箱式冲击试验箱试验要比三箱式的冲击试验箱试验要更剧烈一些，更能检测产品的性能和产品的质量。三箱式冲击试验箱相比较两箱式冲击试验箱环境温度的变化更具适应性。两款试验箱的主要差异在于温度的调控系统，三箱式冷热冲击试验箱调控的更为精准。

综上所述，冷热冲击试验箱两箱式和三箱式在结构、温度变化等方面存在明显的区别。用户可以根据需要选择适合自己的冷热冲击试验箱。